W grze bierzemy udział w międzygalaktycznym konflikcie pomiędzy Republiką a siłami Separatystów, znanym jako Wojny Klonów. Przedstawioną historię śledzimy z punktu widzenia kilkunastu różnych bohaterów, a kolejnych możemy odblokować kończąc główny wątek fabularny. Całość została oparta na motywach popularnego serialu animowanego. To oznacza, że podczas zabawy spotykamy wiele charakterystycznych postaci, które oglądaliśmy tylko w nim. Historia jest podzielona na trzy odrębne scenariusze, dotyczące trzech różnych przeciwników: hrabiego Doku, generała Grievousa oraz Asajj Ventress. Każdy scenariusz składa się z 6 misji odpowiadających kolejnym odcinkom serialu.
