W trakcie rozgrywki gracz kieruje poczynaniami herosa, którego celem jest zgładzenie skorumpowanego Chance'a White'a. W akcję postanawia się jednak wmieszać Mister Sinister. Deadpool postanawia wejść w sojusz z X-Menami i wyrusza na wyspę, na której Sinister gromadzi DNA, aby utworzyć nową armię. Gra polega na eliminowaniu przeciwników przy wykorzystaniu różnych wariantów broni. Bohater posiada między innymi dwa pistolety, katany, potrafi również doskonale wykorzystać uzbrojenie napotkane podczas przemierzania świata gry. Walka opiera się o wykorzystywaniu pojedynczych ciosów ale także na łączenie ich w sekwencje.
