Gracze wcielają się w postać kultowego Snake'a (znanego również jako Big Boss), którego misją jest zinfiltrowanie pilnie strzeżonego Obozu Omega. Wśród ulokowanych za szeregiem zasieków i umocnień budynków przetrzymywani są niezwykle ważni więźniowie - Paz i Cicho, posiadający informacje dotyczące Snake'a oraz jego prywatnej organizacji wojskowej. Nie mogąc dopuścić, by sekrety te ujrzały światło dzienne, główny bohater wraz ze swoim towarzyszem, Kazem Millerem, podejmują się niebezpiecznej misji ratunkowej. Gra posiada zarówno tryb fabularny, jak i misje dodatkowe, a wśród nich znalazły się operacje taktyczne, naloty, a także etapy, w których głównym zadaniem będzie skradanie się, co z pewnością zaskoczy niejednego gracza.
