Drugą ważną różnicą, jaką można zaobserwować gołym okiem, jest kształt główki, jaki ma szczoteczka rotacyjna czy soniczna. W szczoteczkach sonicznych, jest ona podłużna i wygląda prawie tak, jak główka tradycyjnej szczoteczki manualnej. Z kolei modele rotacyjne cechuje okrągła główka, której wielkość pozwala „objąć” powierzchnię jednej strony zęba. Inny kształt główki oraz zastosowana technologia, przekładają się na nieco inną technikę mycia. W obu przypadkach jest ona odmienna, niż ta, jaką znamy z mycia szczoteczką manualną. Główkę szczoteczki rotacyjnej, należy po prostu kolejno przykładać do zębów z każdej strony na kilka sekund. Włosie powinno być ułożone prostopadle do zębów. Natomiast szczoteczkę soniczną, należy przyłożyć pod kątem około 45 stopni, zwracając uwagę, by nie dociskać zbyt mocno główki do uzębienia. Zbyt mocny nacisk, może niekorzystnie wpływać na liczbę generowanych drgań szczoteczki.

Także z technologią, związana jest kolejna różnica pomiędzy szczoteczką soniczną i rotacyjną. Chodzi o liczbę ruchów. W szczoteczkach rotacyjnych, zwykle jest to od kilku do kilkunastu tysięcy ruchów oscylacyjnych oraz w tzw. modelach „3D”, również do kilkudziesięciu tysięcy ruchów pulsacyjnych. Z kolei w przypadku szczoteczek sonicznych, liczba ruchów na minutę to już około 30-40 tysięcy, przy czym najbardziej zaawansowane modele, wytwarzają ich nawet 90-100 tys./min. To, zdaniem niektórych specjalistów sprawia, że szczoteczki soniczne są skuteczniejsze w czyszczeniu płytki nazębnej, czy wybielaniu zębów, niż ich starsze „kuzynki”.

Poza tymi istotnymi różnicami, szczoteczki soniczne i rotacyjne mają też wiele cech wspólnych. Podobny kształt urządzenia i zbliżony ciężar, to jedne z nich. Dodatkowo, urządzenia są zwykle zasilane akumulatorowo, a ładowane na specjalnej podstawce. Ponadto, niezależnie od tego, jaka szczoteczka: soniczna czy rotacyjna, spodziewać się możemy przydatnych rozwiązań, ułatwiających użytkowanie.