Batman: Arkham Origins cofa fabułę gry o kilka lat przed wydarzenia znane z wielokrotnie nagradzanych Batman: Arkham Asylum i Batman: Arkham City, a także znacznie rozszerza świat gry. Akcja rozgrywa się w mieście, w którym nie doszło jeszcze do kulminacyjnego wzrostu przestępczości. Młody, nieukształtowany jeszcze Batman staje u progu kariery pogromcy kryminalistów, która ostatecznie zdefiniuje go jako Mrocznego Rycerza. W czasie postępu gry bohater po raz pierwszy spotka wiele ważnych postaci, z którymi zawiąże decydujące relacje.
